Nova zgrada u Kušlanovoj nije bila lijepa samo profesorima i učenicima – svidjet će se i Nijemcima koji će za vrijeme II. svjetskog rata, od 1941. do 1945. u zgradi III. gimnazije smjestiti zapovjedništvo svojih zračnih snaga (Luftwaffe). U tim teškim ratnim godinama profesori i učenici Treće selit će se po raznim lokacijama u Zagrebu, od Križanićeve do Mažuranićeva trga, a ni nastava neće biti redovita.